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    TECHNICAL ARTICLES

    技術(shù)文章

    當(dāng)前位置:首頁技術(shù)文章目標(biāo)區(qū)域高通量測序服務(wù)

    目標(biāo)區(qū)域高通量測序服務(wù)

    更新時間:2019-02-19點(diǎn)擊次數(shù):2972

    目標(biāo)區(qū)域高通量測序介紹

    目標(biāo)區(qū)域高通量測序是一種高度特異和靶向的方法,是指采用各種技術(shù)手段將待檢測的目標(biāo)區(qū)域富集之后,進(jìn)行高通量測序的研究策略。目標(biāo)區(qū)域的高深度測序可以有效識別基因的變異并對其進(jìn)行特征譜分析,通常用于分析特定基因組區(qū)域中的DNA變異,尤其是腫瘤的基因組研究。

    目標(biāo)區(qū)域高通量測序的策略與區(qū)別

     

    液相雜交捕獲

    擴(kuò)增子測序

    富集策略

    探針雜交

    多重PCR

    適用范圍

    100k<目標(biāo)區(qū)域<100M

    目標(biāo)區(qū)域<100k

    檢測變異類型

    SNP、大片段Indels、融合基因、基因擴(kuò)增等。

    SNP、小片段Indels、基因擴(kuò)增等

    核酸起始量

    100-200ng

    50-100ng

    優(yōu)勢

    發(fā)現(xiàn)新的SNP、融合基因、大片段Indels等

    常用于發(fā)現(xiàn)低頻突變(低于0.1%),可用于ctDNA的研究

    制約因素

    探針捕獲效率

    panel擴(kuò)增均一性

    擴(kuò)增子測序
    原理:通過設(shè)計目標(biāo)基因組區(qū)域的引物,經(jīng)多重PCR反應(yīng)擴(kuò)增將目標(biāo)區(qū)域DNA富集純化后,進(jìn)行高通量測序和數(shù)據(jù)分析。通常用于擴(kuò)增區(qū)域較?。?lt;100k)的情況。

    技術(shù)流程

    技術(shù)優(yōu)勢

    目標(biāo)區(qū)域小,測序成本較低,測序深度通??筛哌_(dá)10000X(常規(guī)全外顯子組測序為100X),因此可以發(fā)現(xiàn)低頻的突變。

    可選panel:包括現(xiàn)成產(chǎn)品(適合不同腫瘤的基因組合)和個性化定制兩種

    Panel類型

    50 gene

    BRCA1/2

    定制

    適用腫瘤

    所有腫瘤

    乳腺癌

    覆蓋基因組

     

    覆蓋區(qū)域

    熱點(diǎn)突變區(qū)

    全外顯子區(qū)

    擴(kuò)增子數(shù)目

    207

    148

    Panel大小

    40K

    17K

     

    panel名稱

    適合腫瘤

    適用樣本

    應(yīng)用

    50 gene panel

    (可定制)

    所有腫瘤

    FFPE

    從腫瘤組織切片中檢出腫瘤特異性低頻突變,可以應(yīng)用于腫瘤患者的靶向用藥指導(dǎo)、晚期患者的監(jiān)測、個體化治療的療效評估等。

    血漿(ctDNA)

    從ctDNA檢出腫瘤特異性低頻突變,可以應(yīng)用于腫瘤的超早期篩查、腫瘤患者的靶向用藥指導(dǎo)、晚期患者的監(jiān)測、個體化治療的療效評估等。

    BRCA1/2 panel

    乳腺癌

    全血

    檢測乳腺癌BRCA1/2易感基因上存在的致癌熱點(diǎn)突變。

     

    樣品要求
    1、樣品純度要求:OD值應(yīng)在1.82.0之間;電泳檢測無明顯非特異性雜帶,PCR產(chǎn)物條帶清晰、完整。
    2、樣品濃度:純化后PCR產(chǎn)物濃度不低于5 ng/ul。
    3、樣品總量:樣品總量不低于200ng。
    4、樣品信息:請?zhí)峁〥NA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數(shù)據(jù),包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)。
    服務(wù)流程
    1、提交項目課題相關(guān)需求和資料。
    2、與我們的專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊討論項目細(xì)節(jié)。
    3、根據(jù)討論后的意見對實驗方案進(jìn)行修改。
    4、雙方均滿意并達(dá)成一致,簽訂技術(shù)服務(wù)合同。
    5、開展實驗,按期完成合同規(guī)定的內(nèi)容。
    6、結(jié)題,提供實驗原始結(jié)果和分析結(jié)果、實驗流程、實驗條件等等。
    我們的優(yōu)勢
    1、游離DNA純化技術(shù)能有效去除基因組DNA污染,使定量更準(zhǔn)確。
    2、擴(kuò)增子生成技術(shù)提高了擴(kuò)增子生成的均一性,降低測序成本。
    3、低頻突變生物分析技術(shù)能有效在背景中檢出相關(guān)低頻突變。
    4、為了克服PCR擴(kuò)增中引入的人源誤差,在進(jìn)行任何擴(kuò)增之前加入UMIs(unique molecular indices),從而保留起始DNA分子的wei一性并克服PCR擴(kuò)增帶來的假陽性問題,以及文庫構(gòu)建過程中引入的偏差。
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